มีการจับกุมบุคคลด้วยข้อกล่าวหาหมิ่นพระบรมเดชานุภาพ คณะรักษาความสงบแห่งชาติออกคำสั่งคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ 44/2557 48/2557 49/2557 53/2557 และ 58/2557[27] เรียกบุคคลต้องสงสัยเกี่ยวกับความผิดดังกล่าวให้มารายงานตัว[28] รัฐบาลแถลงว่า การดำเนินการของรัฐบาลภายใต้คดีที่นำขึ้นศาลทหารนั้นส่วนใหญ่ได้รับการประกันตัว[29]

หรือได้รับประกันตัวในวงเงินประกันที่สูงมาก[30]พร้อมเงื่อนไขห้ามเดินทางออกนอกประเทศ ภายใต้รัฐบาลคณะนี้ คนไทย ที่หมิ่นพระบรมเดชานุภาพถือว่าเป็นศัตรูกับรัฐบาล และคณะรักษาความสงบแห่งชาติ[31]และจะถูกจับกุมดำเนินคดีในศาลทหาร โดยภายหลังรัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2557 มีผู้ถูกจำคุกในความผิดต่อองค์พระมหากษัตริย์ไทยที่ระบุได้จำนวน 75 ราย

ซึ่งเรื่องนี้นักวิชาการส่วนหนึ่งแสดงความไม่เห็นด้วยในการเพิ่มโทษในความผิดนี้ โดยเพิ่มความผิดฐานความผิดฐานขัดคำสั่งคณะรักษาความสงบแห่งชาติให้กับคนที่หมิ่นพระบรมเดชานุภาพในอินเตอร์เน็ทที่ไม่มารายงานตัว รวมถึงการขึ้นศาลทหาร ในวันที่ 15 สิงหาคม 2560 ศาลจังหวัดขอนแก่น ได้สั่งลงโทษ จำคุก นาย จุตภัทร์ บุญภัทรรักษา เป็นเวลา 2 ปี 6 เดือน สื่อรายงานว่าเขาจำคุกเพราะการแชร์บทความของ บีบีซีไทย ที่เกี่ยวกับพระราชประวัติ [32]อย่างไรก็ตามไม่เป็นที่แน่ชัดว่าเป็นสาเหตุดังกล่าวเนื่องจากการตัดสินนั้นเป็นการพิจารณาคดีลับ

ต่อมาได้มีการยกเลิกขึ้นศาลทหารตั้งแต่วันที่ 12 กันยายน 2559[33]

รัฐบาลโดยพลเอก ประยุทธ์ จันทร์โอชา ได้ออกประกาศ คำสั่ง และ คำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ จำนวนมาก ณ วันที่ 9 กรกฎาคม พ.ศ. 2562 มีคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ รวม 211 ฉบับ โดยให้บังคับใช้เป็นกฎหมาย โดยศาลฎีกาได้อ่านคำพิพากษา เมื่อวันที่ 9 สิงหาคม 2560 กรณี นาย สมบัติ บุญงามอนงค์ ฝ่าฝืน ประกาศคณะรักษาความสงบแห่งชาติว่า มีโทษ จำคุก 2 เดือน ปรับ 3000 บาท โดยโทษจำคุกให้รอลงอาญา[34] ซึ่งเป็นหลักฐานว่าศาลฎีกาไทยยอมรับว่า ประกาศ คำสั่ง และคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ของคณะรักษาความสงบแห่งชาติว่าเป็นกฎหมาย

ศูนย์ทนายความเพื่อสิทธิมนุษยชน รายงานว่า ในวันที่ 22 กรกฎาคม 2561 จำนวนผู้ที่ถูกตำรวจตั้งข้อหาเท่ากับ 661 ราย[35] โดยในจำนวนนี้ตำรวจกล่าวหาว่าทำผิดกฎหมายอาญามาตรา 112 มาตรา 116 พระราชบัญญัติประชามติมาตรา 61 วรรค 2 ฝ่าฝืนประกาศ คำสั่ง คณะรักษาความสงบแห่งชาติ การประหารชีวิตได้เกิดขึ้นภายใต้รัฐบาลนี้ โดยเกิดในวันที่ 18 มิถุนายน 2561 ภายหลังไม่มีการประหารชีวิตนานถึง 9 ปี[36] คนไทยส่วนหนึ่งเดินทางออกนอกประเทศเพื่อหลีกเลี่ยงการถูกจำคุกโดยศูนย์ทนายสิทธิมนุษยชนรายงานตัวเลขผู้ลี้ภัยไปต่างประเทศรวม 23 ราย[37]

อย่างไรก็ตามในวันที่ 8 มกราคม 2562 รัฐบาลประสบความสำเร็จในการพัฒนาสิทธิมนุษยชนด้านการประมง โดยคณะกรรมาธิการยุโรป ได้ให้ ใบเขียว กับประเทศไทย เพื่อยืนยันว่าประเทศไทยเป็นประเทศที่ให้ความร่วมมือในการต่อต้านการทำประมงที่ผิดกฎหมาย ขาดการรายงาน และไร้การควบคุม[ต้องการอ้างอิง]